女性感染衣原体不限制在尿道，可牵累整个泌尿生殖器官，这一类感染常常因为缺少自觉症状或症状轻微而忽略了治疗，导致传染源而扩散，形成危害。

无症状感染（缺乏症状反应）：因为此病缺少自觉症状，则局部病象便变为诊断的一个重要指标，表现在阴道有脓样分泌物，也可以为粘液或浆液性。分泌物量比较多，略有异臭味。阴道粘膜为正常颜色，但常伴随宫颈糜烂。

典型的急性期症状与其他非淋病性生殖泌尿系统感染类同，症状为尿道刺痛，程度各异的尿急及尿频、排尿刺痛，尤其是当尿液比较浓缩的时候显著。尿道口轻微红肿，分泌物稀薄，量少，为浆液性或脓性，多需用力挤压尿道才见分泌物流出，多在早晨起来尿道口有少许粘液性分泌物或只有痂膜封口，或见污秽裤裆。大约有三分一的患者可没有任何自觉症状。仅是在例行检查时才被发现。