由于尿路感染的复发与再感染的处理有明显的不同，因此，将两者鉴别开来，是十分必要的。临床上，可以从以下几方面将二者鉴别：①复发常发生于停止抗菌药1个月内(大多数在1周内) ；②从尿培养所得的菌种及其抗生素敏感谱可以推断出此次的致病菌与原先的致病菌是否相同；③先给予单剂或3天疗法，如能治愈，则为重新感染，如治疗失败，则为复发。

    目前，对尿路感染复发的治疗尚没有达成共识，一般做法是：对妇女有多次尿路感染病史者，如有急性症状性尿路感染发作，即给予3天疗程治疗，停药后4～7天随诊。如治疗成功，表明此次再发是重新感染，可给予长程低剂量抑菌疗法做预防性治疗。如治疗失败，先看一下上次 3天疗程所给之抗菌药物是否有抗药性。如是，则根据致病菌药敏试验，再给予另一种敏感的抗生素做3天疗程。如治疗成功，再按上述重新感染处理，如仍无效或原先3天之抗菌药已是敏感者，但治疗失败，则均应给予高剂量、强有力、敏感的杀菌性抗生素作6周疗程。有临床专家建议，用此法的疗效比4天疗程的疗效显著好。还有人提议，对6周疗法失败的少数病人，可给予长期的注射抗菌药物，或口服抗菌药物更长一些时间，可能会获得痊愈，但目前仍有争议。

    此外，必须强调尽一切可能纠正引起尿路感染的解剖或功能上的异常，否则尿路感染不易控制。如果感染局限于一个肾，而该肾的功能很差，则应切除病肾以防复发。因尿路结石而致感染者，除应取石外，还要用络合剂冲洗。

    复发如因L-型细菌而引起者，应选用抑制蛋白合成的抗生素，如四环素、红霉素、氯霉素或庆大霉素等，同时，要多饮水，使肾髓质渗透浓度降低，抑制L-型细菌的形成。