多囊卵巢综合征（PCOS）患者常合并闭经、无排卵性不孕，治疗的目的在于恢复正常月经和生育功能，防止子宫内膜恶变。不孕症的治疗首先是控制体重。体重控制可以使部分病人恢复排卵功能，对促排卵药物有良好的反应，还可以预防心脑血管疾病和糖尿病的发生。调节排卵的常用药为克罗米酚。克罗米酚为PCOS不孕患者的首选药物，前面已经讲到了它有微弱的雌激素作用，又有抗雌激素作用，它可使雌激素的负反馈作用消失，增加GnRH脉冲频率，调整FSH与LH的比例。加用 HCG、地塞米松或延长克罗米酚用药时间可有助于常规用量无排卵的病人的恢复排卵。应用克罗米酚治疗无排卵或有排卵但未妊娠者，可以应用HMG或FSH治疗。月经第3-5天开始每日肌注HMG1支（含FSH:75IU，LH:75IU），Ｂ超监测排卵，根据卵泡发育情况调整HMG用量。由于HMG压抑垂体内源性LH分泌，一般不会出现排卵前的自然LH高峰，故需在卵泡直径达18-20mm时肌注HCG5000-10000国际单位诱导排卵。近年来提倡小剂量FSH渐增方案，即初剂是每日1支，持续8-14天后若无反应，每日加用半支，可以发现FSH 阈值，避免卵巢过度刺激的发生。
    PCOS病人应用长效GnRH-a（每月3.75mg）肌肉注射3-6个月，卵巢可明显缩小，卵泡的数目减少，LH的浓度、LH/FSH的比值以及雄激素的水平均有明显的下降，但药费价格很贵，约在7000-8000元左右，临床仅用于难治性不孕。应用GnRH-a200-500ug皮下注射2-4周，也可以降低LH和雄激素水平，再用HMG、FSH或GnRH脉冲治疗，其排卵率和妊娠率有所提高，最重要的是OHSS和流产率明显降低。
    对于应用6个月以上标准的促排卵周期治疗后有排卵但仍未妊娠的PCOS病人，可以选择体外受精胚胎移植治疗。PCOS病人可以取得与纯输卵管因素病人相似的妊娠率，注意其中重度卵巢过度刺激综合征发生率高，多胎妊娠率高。
    药物治疗失败者也可选择手术治疗。卵巢楔形切除术的缺点是有10%的病人发生粘连，造成机械性的不孕，并且其疗效不持久，数月后症状复发。故目前已很少应用。通过腹腔镜下电烧灼、透热或激光打洞，每侧卵巢破坏15-20个多囊部位，可以引起自发排卵或增加对克罗米酚治疗的敏感性，这种方法和楔形切除术一样可以引起雄激素和抑制素的下降。术后排卵率为70-92%，妊娠率为36-86%。但尽管腹腔镜手术是为了减少开腹楔形切除术造成的粘连，但实际上并不能完全避免粘连的形成，因此手术中尽量减少卵巢包膜的损伤和完全止血是非常重要的。另外腹腔镜手术也有疗效不持久，症状复发的缺点。