TOF尚需与下列先天性心脏病鉴别诊断。
　　1.完全性大血管错位(complete transposition of great blood vessels) 青紫出现得更早、更明显，常在一出生即出现严重青紫，生后1～2周可发生充血性心力衰竭。X射线示肺充血，心影扩大呈蛋形。心电图示重度右心室肥厚或左、右心室肥厚。
　　2.室间隔缺损 轻型或无青紫的TOF常易与单纯性VSD混淆。鉴别要点见“室间隔缺损”。较大的室间隔缺损伴肺动脉高压时，B超检查两者均有前连续中断，心室水平右向左分流，但较大的室间隔缺损伴肺动脉高压者左心室明显扩大，主动脉宽度正常，肺动脉多增宽，而主动脉骑跨不明显。
　　3.右心室双出口伴肺动脉狭窄(double outlet of right ventricle with pulmonary stenosis) 临床症状与TOF极相似，但本病一般无蹲踞现象。X射线检查显示心影增大，心血管造影可确诊。右心室双出口与法洛四联症主要鉴别点为主动脉瓣与二尖瓣前叶无解剖连接，是法洛四联症与右心室双出口的主要鉴别点。
　　4.肺动脉瓣狭窄 临床表现与轻型或无青紫的TOF相似，但杂音的位置较高，于胸骨左缘第2肋间闻及粗糙收缩期杂音。X射线检查显示心影增大，肺动脉总干有狭窄后扩张。心电图示右心室重度肥厚，有高尖P波。
　　5.法洛三联症(trilogy of Fallot) 包括房间隔缺损、肺动脉狭窄、右心室肥厚。出现青紫较晚，有时在数年后，蹲踞不常见。胸骨左缘第2肋间的喷射性收缩期杂音时限较长，伴明显震颤，P2分裂。X射线检查除显示右心室增大外，右心房也明显增大，肺动脉段凸出，无右位主动脉弓，肺血正常或减少。心电图见高大P波。