1.肠结核：多数肠结核的患者有腹痛、腹泻、低热、腹部肿块、肠梗阻等临床表现，症状与克罗恩病很相似，病变部位也多涉及回肠盲部，有时累及邻近的结肠。但前者不呈节段性分布，且经抗结核治疗有效。

　　2.急性阑尾炎：急性阑尾炎以右下腹疼痛为主要症状，以腹痛为主的克罗恩病也表现为右下腹疼痛，伴恶心、呕吐，但克罗恩病无典型的转移痛，右下腹压痛较为广泛，没有局限性压痛，一般发病前有发热和低热病史，右下腹可触及活动性包块，病期较长。

　　3.溃疡性结肠炎：溃疡性结肠炎与克罗恩病通称为炎症性肠病，临床表现主要是腹泻、黏液脓血便、腹痛和里急后重，少数出现发热、腹部肿块、肠管狭窄、瘘管形成等，受累的肠段以直肠和乙状结肠为主，容易发生中毒性巨结肠，病变常呈连续性分布，肠外表现与克罗恩病相似，但发生率较低，该病有5%～10%的癌变率，纤维结肠镜检查可明确诊断。

　　4.盲肠癌：盲肠癌的患者一般表现为腹部肿块、排便习惯改变、腹泻和低热病史、腹痛、肠梗阻、低热、消瘦、营养障碍等，这些与重症克罗恩病的表现很相似，但病人的发病年龄多在40岁以上。病程进展快，X线钡剂灌肠检查显示盲肠充盈缺损。

　　5.急性出血坏死性肠炎：本病也可呈节段性分布，但多数以空肠病变为主，好发于儿童与青年，有地区性与季节性，患者发病前有不洁饮食或暴饮暴食史，临床表现和克罗恩病急性病者相似，但血便有腥臭味，病人毒血症重。

　　6.肠伤寒穿孔：克罗恩病肠穿孔有时与肠伤寒穿孔症状相似，因为伤寒病变也以回肠末段最为显着，急性穿孔时常引起右下腹剧痛，但肠伤寒穿孔引起的弥漫性腹膜炎较亚急性克罗恩病人严重，一般发生在伤寒发病后的2～3周。临床上化验检查是鉴别的主要手段。