伪膜性肠炎主要发生在结肠，偶见于小肠等部位，病变肠腔扩张，腔内液体增加。病变肠粘膜的肉眼观察，可见凝固性坏死，并覆有大小不一、散在的斑点状黄白色伪膜，从数毫米至30mm。严重者伪膜可融合成片，并可见到伪膜脱落后大、小不等的裸露区。

    显微镜下，可见伪膜系由纤维素、中性粒细胞、单核细胞、粘蛋白及坏死细胞的碎屑组成。在肠粘膜固有层有中性粒细胞、浆细胞及淋巴细胞浸润，重者腺体破坏断裂，细胞坏死，粘膜下层因炎性渗出而增厚，伴血管扩张、充血及微血栓形成。

    伪膜性肠炎的早期，仅显示为粘膜灶性坏死，固有层中性粒细胞及嗜酸粒细胞浸润和纤维素渗出。较重度病变则显示有腺体破坏，周围中性多形核细胞浸润，伴有典型火山样隆起坏死病变，伪膜形成。以上两者病变限于粘膜固有层浅表部位，间有正常粘膜。最严重病变为整个粘膜结构完全累及，并向肠壁延伸，有厚的融合成片的伪膜，甚至肠穿孔。