作病原治疗以前常用戊烷脒（pentamidine isothionate）～mg/（m·d）或～mg/（kg·d）肌注～天亦可气雾吸入早期应用此药至少%患儿可以治愈但约半数患儿可出现较重的不良副作用如局部发生无菌性脓肿皮疹低血压恶心呕吐眩晕低血糖低血钙巨幼红细胞性贫血血小板减少中性粒细胞减少及肝肾功能损害等目前首选药物为甲氧苄胺嘧啶（TMP）mg/（kg·d）加磺胺甲基异噁唑（SMZ）mg/（kg·d）分次服连服周其疗效与戊烷脒相仿但不良副作用远较少见表现为皮肤过敏与胃肠道反应亦有主张SMZComg/（kg·d）周后减为半量再用周后再减为/量连用月有效率达%此药可作为化学预防剂在应用免疫抑制剂的高危患儿中预防此病其剂量为TMPmg/（kg·d）和SMZmg/（kg·d）皆分次口服或每周连服天停天连用个月
    支持疗法包括肌注丙种球蛋白或胎盘球蛋白可以增强免疫力必要时吸氧如在应用肾上腺皮质激素的过程中发生此病则需减量或停药为预防此病在高危患儿中交叉感染最近主张执行呼吸道隔离直至治疗结束