1.细菌性肺炎：细菌性肺炎多有高热、咳嗽、咳痰、胸痛、气促等症状，肺部实变体征和湿啰音，白细胞升高。卡氏肺囊虫肺炎对抗生素治疗不敏感，常伴有肺外部位寄生虫感染，痰液可找到虫卵。
 
    2.病毒性肺炎：病毒性肺炎一般先引起上呼吸道感染，然后向下蔓延引起肺部炎症。因呼吸道黏膜防御功能受损，常诱发细菌感染。卡氏肺囊虫肺炎起病急，可呈弥漫性肺间质改变，需与病毒性肺炎鉴别。痰液、灌洗液或肺组织活检找到寄生虫或诊断性治疗有效可鉴别。
 
    3.肺结核：常见于年轻患者，有低热、盗汗等症状，早期为刺激性干咳，而后有痰，空洞形成后咳嗽加剧，痰量增多，半数病人可有咯血。诊断主要根据胸片检查和痰或其他标本中找到结核菌或结核特异性病理改变。
 
    4.霉菌性肺炎：卡氏肺囊虫性肺炎胸片可见斑片状阴影，需与霉菌性肺炎鉴别。病史、免疫学、病原学、组织病理学检查有利于鉴别诊断。