卡氏肺囊虫性肺炎潜伏期一般为2周．而发生于AIDS患者时潜伏期约4周左右。其临床表现差异甚大。根据临床表现通常分为两型。
 
    1.流行型或经典型：主要为早产儿、营养不良儿，年龄多在2～6个月之间。
 
    ⑴症状：起病常常隐匿，进展缓慢。初期大多有拒睡或食欲下降、腹泻、低热，逐渐出现干咳、气急，并进行性加重，发生呼吸困难。
 
    ⑵体征：患儿体重减轻，鼻翼扇动、发绀，有时可发生脾大。
 
    2.散发型或现代型：多发于免疫缺陷者，偶见于健康者。化学药物治疗(简称化疗)或器官移植患者并发卡氏肺囊虫性肺炎时进展迅速，而AIDS患者并发卡氏肺囊虫性肺炎时进展较缓慢。
 
    ⑴症状：初期表现有食欲不振，继而出现干咳、发热、发绀、呼吸困难，很快出现呼吸窘迫。病程发展很快，不治疗多死亡。
   
    ⑵体征：体重减轻，儿童可有发育停滞。
 
    卡氏肺囊虫性肺炎患者常表现症状和体征分离现象，即症状虽重，体征常缺如。少数患者可有数次复发，尤其在AIDS者中更为常见。