肥厚型心肌病可呈家族性发病，也可有散发性发病。根据流行病学调查结果，散发者占2／3，有家族史者占1／3。家族性发病的患者中，50％的肥厚型心肌病病因不明确，50％的家系中发瑰有基因突变。遗传方式以常染色体显性遗传最为常见，约古76％。

　　(1)遗传因素：肥厚型心肌病被认为是一种常染色体显性遗传性疾病，发病机制尚不明确，目前认为HCM是由心肌肌小节收缩体系相关蛋白的突变所致，迄今已研究10个编码肌节蛋白的300多种突变参与该病的发生。B一肌球蛋白重链是最主要的致病基因。

　　(2)儿茶酚胺与内分泌紊乱：儿茶酚胺产生过多，心肌组织对其反应性增加。原癌基因表达异常与心肌肥厚的发生和发展密切相关。

　　(3)钙调节异常：高血钙常与肥厚型心肌病共存(47％～72％)。钙调节异常是否参与肥厚型心肌病发病，有待于进一步研究。

　　(4)其他：去甲肾上腺素与心肌受体相互作用的异常；异常和快速的房室传导使室间隔和心室游离壁在电激动和机械收缩上的不协调，组织学上可以发现病人的房室结和希氏束呈现胎儿时期的形态；心脏胶原组织和纤维骨架的异常导致心肌纤维的排列组合异常，或原发性的心肌蛋白合成异常；心肌内小冠状动脉异常产生心肌缺血，导致心肌纤维化伴异常的代偿性肥厚。

　　(5)多因素作用：散发性病例可能是多因素作用的结果，具体机制不明。