1.气管支气管炎：大多数感染肺炎支原体的病人症状很轻，起始时主要表现为上呼吸道症状，胸部也没有体征，白细胞通常是正常的，此种情况下容易误诊为急性气管和支气管炎，但通过胸部影像学的检查一般不难鉴别。对于不易诊断的可做胸部CT确诊。

    2.传染性非典型肺炎（SARS）：本病主要表现为发热、病毒感染的非特异性症状，实验室检查白细胞不升高或降低，特别表现为淋巴细胞数量的下降。由于SARS是新出现的一个疾病，易与衣原体肺炎混淆。但SARS有很强的传染性，重症发生率高，对抗生素治疗无效，病情进展快。对于鉴别有困难的，可通过实验室检查进行鉴别。

    3.肺嗜酸性粒细胞浸润症：多数衣原体肺炎感染特征不是很明显，影像学特征又不具特异性，很容易与肺嗜酸性粒细胞浸润症、过敏性肺炎等混，但非感染性肺疾病一般在病理学上有其相应特征，及时进行检查有助于鉴别。

    4.其他肺部感染性疾病：如病毒性肺炎、肺炎球菌肺炎、军团菌肺炎等如果临床表现与衣原体肺炎不易鉴别时，明确诊断必须借助于病原的分离鉴定培养和血清学检查。