生理性黄疸退后又现，或一直持续不退。总胆红素一般低于171μmol/L(10mg/dl)，结合胆红素与未结合胆红素均增高，以前者为主。谷丙转氨酶升高或正常。

起病缓慢、吐奶、厌食、体重不增、腹胀，大便色泽变淡黄，重者可变灰白色，尿色深黄。

肝脾肿大，呈中度肿大，以肝大为主。少数重症者病程较长可致肝硬化，肝功能衰竭。

多数在3～4月内黄疸缓慢消退，也可并发干眼病，低钙性抽搐、出血及腹泻。

常并发维生素A、D缺乏症。

可有家族肝病史，遗传疾病史及母孕期感染史。

尿胆元、尿胆红素阳性。

HBsAg可为阳性。 新生儿肝炎综合征的诊断比较困难。孕妇乙型肝炎表面抗原(HBsAg)阳性所生婴儿，在生后半年内有20%～50%成为HBsAg携带者，但多数无症状。乙型肝炎病毒母婴传播以通过产道时感染婴儿的机会远较宫内时多。中国医科大学附属二院在80例婴儿综合征进行尿病毒分离及部分血清IgM抗体测定中证实12例为巨细胞病毒肝炎。新疆自治区医院在16例新生儿肝炎中，半数由尿脱落细胞找到巨细胞包涵体。由新生儿败血症引起的黄疸，血培养可阳性。此外尚有原因不明的新生儿黄疸病例。

本病与新生儿先天性胆管闭锁有时很难鉴别。但若把新生儿肝炎误认为胆管闭锁而作手术，可使病情恶化。有关这两个病的鉴别诊断见下文胆管闭锁节。

实验室检查：新生儿甲胎蛋白满月后应该转阴而患者可持续增高，这提示肝细胞有破坏、再生增加。通常在转氨酶高峰后1周左右达到高峰，血清碱性磷酸酶正常。