近年来认为外源性过敏性肺泡炎为免疫复合物疾病，Ⅲ型变态反应是其重要机制，也涉及Ⅳ型变态反应。补体系统激活有其重要意义，而激活的肺泡巨噬细胞可能是发病机制的中心环节。

(一)补体介导的Ⅲ型变态反应 在已致敏个体再次接触抗原后4～8小时发病。皮内注射抗原后4～6小时可发生Arthus反应，并在反应部位的皮肤标本中发现IgG和补体的沉淀物。多数患者血清中可找到相应抗原的沉淀抗体(属IgG)。应用抗原作支气管激发试验可出现与临床外源性过敏性肺泡炎相同的肺功能改变。故本病与补体介导Ⅲ型变态反应有关，免疫复合物具有重要意义。

(二)T淋巴细胞介导的Ⅳ型变态反应 近年来注意到Ⅳ型变态反应在本病发病中起重要作用。患者肺组织病理学有干酪性肉芽肿形成，淋巴细胞在体外遇到相应抗原能产生巨噬细胞移动抑制因子(MIF)。动物实验发现，将致敏T淋巴细胞植入实验动物体内，再吸入抗原进行激发，引起与人类外源性过敏性肺泡炎很相似的肺部损伤。在外源性过敏性肺泡炎患者的支气管肺泡灌洗液中亦发现淋巴因子的增高。以上发现均支持Ⅳ型变态反应在本病发病中的作用。

(三)局部巨噬细胞的作用 用霉变枯草和微小多孢子菌可直接刺激肺泡巨噬细胞而引起蛋白水解酶释放，裂解C3而释放C3b。后者与巨噬细胞表面的补体受体结合，进一步激活巨噬细胞，继而产生包括肉芽肿形成在内的肺组织病变。

目前倾向于认为外源性过敏性肺泡炎最初由Ⅲ型变态反应介导，尔后转向Ⅳ型变态反应为主，而巨噬细胞激活及由此产生的炎症反应则又可以通过非免疫途径，共同引起肺损伤。但许多细节尚不清楚。