一部分异位妊娠患者的症状是不典型的，临床上误诊还是经常发生的。据观察，常被误诊的有下列疾病：

胃肠炎：本病有腹痛、恶心、呕吐、腹泻等症状，与宫外孕有相似之处，若不如实回答医生的提问，往往造成医生判断失误。

急性阑尾炎：阑尾炎也是下腹部疼痛，疼痛的性质剧烈，而且也是逐渐加重，特别是以往有慢性阑尾炎病史者，更易误诊为慢性阑尾炎急性发作。

先兆流产或早孕：先兆流产腹痛较为严重，有时出现呕吐，特别是有外伤史者，容易诊断为本病而进行保胎治疗。也有时被认为是早孕，在流产时发现是异位妊娠。

月经不规则：如果局部组织出血量较少，病程稍长，常常是阴道出血、腹痛，但调经治疗无效。

黄体破裂：本病同样有宫外孕一样的危险，有剧烈腹痛、休克等表现，但本病均发生在月经中期，大部分发生在性生活之后，没有闭经和早孕反应，也不会发生阴道出血。

卵巢囊肿蒂扭转：常有腹部包块，无早孕反应，没有停经史，与宫外孕不同。

其他情况：有的被自认为受凉、劳累、剧烈活动，其实这仅仅是一种诱因，不能算作疾病。