肾活检及对染色组织光镜检查为诊断免疫介导性肾脏病，估计其预后及选择治疗提供了最好的方法。鉴于不同的免疫机制可引起相似的形态学变化，故使用荧光素标记的特异抗体的免疫荧光显微镜检查常也有助于甄别肾脏中免疫成分的类型及定位。
补体沉积的类型和形式有助于诊断。补体的沉积通常随免疫复合物或免疫球蛋白，或两者皆有的沉积形式。但无免疫球蛋白，C1q或C4沉积的情况下，C3的沉积可发生在经替代途径激活的Ⅱ型膜增生型肾小球肾炎。
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