细菌性肝脓肿的预防包含两个方面：
1.提高机体的健康素质，增强机体的防病抗病能力，同时应尽可能避免可能诱发机体抵抗力降低的因素，如大剂量化疗、放疗及长期使用免疫抑制剂。
2.对容易诱发细菌性肝脓肿的疾病应抓紧治疗，如肝胆管结石、急性化脓性梗阻性胆管炎、腹腔感染、肠道感染等。将这些病因控制住后，就能预防细菌性肝脓肿的发生。事实上，由于强大有效的抗生素的早期使用，细菌性肝脓肿的发病率已大为下降。
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