小室间隔缺损病人很少有相关的症状，大室间隔缺损病人可能在出生几月内表现顽固的心力衰竭，脉搏快速而细弱，难以喂养、多汗及慢性肺水肿。在发达国家，大约有半数 2 岁以内室间隔缺损病人因心力衰竭而接受手术治疗。
    在出生早期，呼吸快速与费力及反复肺部感染可能继发于肺静脉压增高和慢性肺水肿，也可因肺动脉粗大，压力高而压迫细支气管，妨碍呼气时气体的完全排出而造成肺过度充气。
    以上诸原因，致婴幼儿瘦小，发育低下。慢性充血性心力衰竭可影响智力的发育。
    有症状病人对内科治疗效果不好的， 1 岁内死亡的危险性特别高，即使活过 1 岁，此后亦难正常成长。
儿童与成人的大室间隔缺损，常常有症状，而且身高、体重都较低，随着肺血管病变的发展，临床症状加重。