胎儿乙醇综合征在临床上除了会表现出特殊的面部体征之外，还有并发多器官系统的畸形，在各患儿的表现和程度并不一致。其中可能包括以下几个方面：

　　(1)中枢神经系统方面的畸形

　　可能有小头畸形、无脑儿、前脑无裂、孔洞脑、脑脊膜膨出、脑积水、脑室扩大、透明中隔腔扩大、胼胝体缺如或发育不全、穹窿胼胝体间隙扩大、脑干畸形、小脑等畸形;

　　(2)皮肤方面的畸形

　　可能有血管瘤、多毛症、皮下结节、掌纹异常等;

　　(3)胚胎瘤

　　成神经细胞瘤、神经节成神经细胞瘤、肾上腺肿瘤、肝胚细胞瘤、骶尾部畸胎瘤;

　　(4)心血管方面的畸形

　　可能有房间隔缺损、室间隔缺损、大血管异位、法乐四联征;

　　(5)泌尿生殖系统的畸形

　　肾缺如、肾发育不全或不良、马蹄肾、肾盂积水、输尿管分裂、输尿管扩张、膀胱憩室、膀胱阴道瘘、尿道下裂、阴唇发育不全。