与其他伴有智力低下、特殊面容的遗传性疾病相鉴别，主要依靠实验室检查鉴别诊断。

　　(1)先天愚型或称Down综合征或21-3体病：本病外貌显示表情呆滞、跟距宽、眼裂小、两眼裂外侧上斜、鼻梁低平、腭弓高、口半张、舌常伸于口外、流涎多。除面容外，手指短、小指内弯、双侧通贯手(即手掌心中的横形纹不分岔而直通连)等。常伴有先天性心脏病、体格及智能发育迟缓。

　　(2)猫叫综合征：为体细胞内第5号常染色体短臂部分缺失所引起。婴幼儿期哭声似猫叫，特殊面容为头小、脸圆、眼距宽、外眼角下斜、塌鼻梁、耳位低、小下颌，还有通贯手，生长发育迟缓，智力低下严重。

　　(3)粘多糖病：为粘多糖代谢障碍的一组遗传病，具有丑陋面容，头颅大而呈舟形，前额和两侧颞部突出，颞部发际边缘低，发密粗而直、浓眉、宽眼距、鼻梁低、鼻孔大略上翻、唇厚、张口、舌体大常伸出口外、齿楔形而间距大、颈短、下颌小，角膜混浊从而影响视力，智力迟滞呈渐进性。

　　(4)海洋性贫血：常染色体遗传病。由于骨髓增生髓腔增宽，面颊骨及颅骨增大，逐渐出现典型的面容，头大、额骨隆起、颧骨高出、鼻梁低平、两服距增宽、面部表情呆滞，生长发育迟缓，智力退化。

　　(5)呆小病：其特殊外貌为头大、前囟大而囟门闭合较晚、出牙延迟、牙小而稀，因皮下组织有黏液性水肿面部呈水肿样、鼻梁低、眼距宽、眼裂窄、眼睑肿、唇厚、舌大且厚、常伸出口外、流涎、表情呆滞、毛发枯黄而稀疏、皮肤粗糙发干。由于生长发育迟缓故动作笨拙，智力低下。

　　(6)脑积水：面容有特殊表现，小儿头不能直立，前额向前突出，眼球向下转，上部眼巩膜暴露，呈太阳落山的样子，头皮静脉粗而暴起，前囟扩大而饱满，颅缝裂开，眼球有震颤或斜视，视力减退或消失，头骨与面骨发育不成比例，显出头大而面小，由于脑皮质受压变薄而导致智力低下。

　　(7)头小畸形：乃指其头围小于同年龄同性别的平均值，2岁时头围在42厘米以下。前囟小而近于关闭，面部发育正常而前额及二颞骨向上倾斜，枕部平坦，头颅部显得更小而顶部尖，脑发育受限而导致智力低下。