1.注意婴儿和儿童身长和生长发育曲线，生长速度的减速常能提出第一个诊断线索。一旦怀疑本病，诊断并不困难，一般可用甲状腺功能检查进行诊断。

　　2.佝偻病 俗称缺钙，在婴儿期较为常见，是由于维生素D缺乏引起体内钙、磷代谢紊乱，而使骨骼钙化不良的一种疾病。佝偻病发病缓慢，不容易引起重视。佝偻病使小儿抵抗力降低，容易合并肺炎及腹泻等疾病，影响小儿生长发育。

　　3.大脑发育不全 此症虽有智力障碍，但发育均衡，无先甲低的舌大、便秘、皮肤干燥等临床表现。

　　4.先天性巨结肠　又称肠管无神经节细胞症(Agangliono-sis)。由于hirschsprung将其详细描述，所以通常称之为赫尔施普龙病(hirschsprung’s- Disease)，是由于直肠或结肠远端的肠管持续痉挛，粪便淤滞的近端结肠，使该肠这肥厚、扩张，是小儿常见的先天性肠道畸形。

　　5.本病特点是受累肠段远端肌间神经细胞缺如，使肠管产生痉挛性收缩、变窄，丧失蠕动能力。近端肠段扩张，继发性代偿扩张肥厚。

　　6.在新生儿期从先甲低的所有症状中应当鉴别的疾病，有各种原因的黄疸、心脏病、呼吸道疾病，只要做甲状腺功能检查(先甲低T4降低和TSH升高)就易鉴别。