需要与之相鉴别的伴有角膜丝状改变的疾病包括：上睑下垂、干燥性角结膜炎(丝状物主要发生在角膜下方)、神经麻痹性角膜病变、复发性角膜糜烂、角膜外伤、神经营养性角膜病变、单纯疱疹病毒性角膜炎、慢性大泡性角膜病变、眼球震颤和药物性角膜炎等。除舍格伦综合征外，所有这些疾病的角膜丝状物可以发生于角膜的任何位置。

　　当角膜无丝状物时，本病应与沙眼、浅层点状角膜炎、角膜缘型春季角结膜炎和位于12点处的泡性角结膜炎等疾病相鉴别。另外本病还应与接触镜诱导性角结膜炎(contact lens-induced keratoconjunctivitis)相鉴别。