动脉瘤样骨囊肿可发生于任何骨但最常见的部位为长管状骨占50%，有20%-30%病变发生于脊柱。常见发病部位排序如下：下肢长管状骨、脊柱、上肢长管状骨锁骨手足短管状骨距骨及颜面骨。若发生在骨盆的动脉瘤样骨囊肿常常是巨大的。脊柱发病者多同时累及后侧附件及椎体。伴随病变膨胀生长邻近椎体可受侵。在长管状骨中病变多位于干骺端并偏于一侧，约1/4病变位于中央，发生于骨干中部的动脉瘤样骨囊肿并不常见动脉瘤样骨囊肿从不发生于骨骺动脉瘤样骨囊肿生长一般不越过骺软骨但骨成熟后，病变可发展至骨端无论动脉瘤样骨囊肿发生于何位置其似乎均起自骨表面骨膜下。动脉瘤样骨囊肿自此位置生长向上顶在骨膜，向下侵噬骨皮质。动脉瘤样骨囊肿主要临床特征为进行性局部疼痛和肿胀。

多数病人往往开始在肢体上发现一深在的肿块，伴有轻度疼痛，发展可很快也可缓慢。约1/3的病人症状出现与创伤有关病理性骨折少见，若发生病理性骨折出现明显疼痛，局部皮温常增高，有明显的压痛，偶有搏动。动脉瘤样骨囊肿发生病理性骨折时，不会出现良性骨囊肿所特有的落叶征。附近关节可因肿胀、疼痛出现活动受限，若膨胀性病变累及关节软骨时则关节活动受限明显关节腔积液。脊柱发生病变时疼痛症状明显，椎体和附件破坏压缩而发生脊柱畸形，可出现脊髓压迫症状压迫症状可逐渐加重甚至发生截瘫在出现椎体病理性压缩骨折或病变急性出血时压迫症状会突然出现动脉瘤样骨囊肿的临床症状和体征以及病程的变化可因其发展速度、病变部位和骨破坏程度而有所不同发展，快者数月内表现出严重的临床症状和体征膨胀性病变生长可很大，给人恶性肿瘤的印象。发展缓慢者也有一两年症状才明显，也有呈停滞状态几年无变化绝大多数病人自出现症状。至就诊时间一般不超过6个月，在有些病例中不进行任何治疗，动脉瘤样骨囊肿可停止生长并自行骨化在2-3年中可自愈。