可能与IBS混淆的常见疾病有：乳糖耐受不良,憩室病,"药物性腹泻",胆道疾病,轻泻药的滥用,寄生虫疾病,细菌性肠炎,嗜酸性粒细胞性胃炎或肠炎,显微镜下(胶原性)结肠炎和早期炎症性肠病.炎症性肠病患者的年龄呈双峰分布,故对年轻和年老两组患者的评价一定要考虑到这些状况.对年龄超过40岁,特别是以前无IBS症状史者,若出现大便习惯改变,必须通过结肠镜排除结肠息肉和肿瘤,对年龄大于60岁的患者应该考虑缺血性肠病的可能.

    妇女的盆腔检查有助于排除卵巢肿瘤和囊肿或子宫肌瘤,因为这些疾病症状可与IBS相似.对于腹泻患者,甲状腺功能亢进症,类癌综合征,甲状腺髓样癌,VIP瘤和Zollinger-Ellison综合征的可能性均应被考虑.便秘且无解剖学病损的患者,则应被考虑有无甲状腺功能减退或甲状旁腺功能亢进症的可能性.如果患者的病史和实验室检查提示吸收障碍,应进行吸收测定以排除热带口炎性腹泻,乳糜泻和Whipple病,最后,对所有非便时需过度用力的便秘患者,应考虑排队其他病(如盆底肌肉不协调).