其他药物对磺胺药或肾上腺皮质激素治疗无效者，可改用或加用其他免疫抑制剂，如硫唑嘌呤、6-琉嘌呤(6MP)、环胞素、FK506等，也可合用免疫增强剂，如左旋咪唑、干扰素、转移因子、卡介苗及免疫球蛋白等;此外，甲硝唑(灭滴灵)、广谱抗生素、分离的丁细胞和单克隆抗体等也可应用，但上述各药的疗效评价不一。
硫唑嘌呤和6MP能竞争抑制嘌呤核糖核甘酸的生物合成。硫唑嘌呤在体内代谢为6MP，对难治性克罗恩病有诱导缓解，促进瘘管闭合并减少激素用量的作用;对溃疡也有诱导和维持缓解作用。常用剂量为每日1.5mg/kg，如同时应用别嘌醇，剂量可减半。平均起效时间为3个月，如用药半年未见效，可停药。副作用有胰腺(3.3%)，骨髓抑制(2%)，过敏性肝损伤(0.3%)等。因有诱发肿瘤可能，不宜用于肿瘤高危人群，也不宜用于妊娠妇女。
    环胞素能抑制细胞因子，如III和Y干扰素等，对耐药的克罗恩病是否有效说法不一。有报告短期口服有利于瘘管愈合。
    氨甲蝶吟(MTX)是叶酸拮抗剂，适用于难治性病变，急性CD肌肉注射25mg，每周1次，连续12周，4/5患者临床症状及内镜检查改善。慢性患者在上述治疗有效后改为口服15mg，每周1次，每月减2.5mg，至每周7. 5mg, 3/4左右患者有效，在治疗剂量下对骨髓抑制不明显。
    甲硝唑除抗菌作用外，尚有免疫调节作用，主要用于回结肠和结肠CD，常用剂量每日10---15mg/kg，因有恶心、纳差、头晕、外周神经炎等副反应，因此宜从小剂量开始，维持剂量100--200mg/d，如6个月无效可停药。对小肠CD的疗效评价不一。
此外，有采用FK506，抗TNF-a。单抗，重组IL-10以及T淋巴细胞分离取出术等治疗CD有一定疗效的报告，但远期疗效有待进一步观察。