新生儿柯萨奇病毒感染的潜伏期可有很大差异，一般在生后7～14天。经宫内垂直感染者多在生后5天内发病，生后感染者多在5天后发病。潜伏期长短也与不同血清型、新生儿个体因素(胎龄、日龄、免疫状况等)有关。轻型新生儿CVB感染可无明显临床表现，而严重者可侵犯多脏器系统，甚而致死。CVB的不同血清型感染，可有相似的临床表现，而同一血清型的不同个体感染，其临床表现也有很大差异。
1.发热及败血症样表现 多数患儿起病急剧，出现发热
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