GISTs常需与下列肿瘤鉴别，这些胃肠道肿瘤常有与GISTs类似的临床表现。

　　1、胃肠道平滑肌瘤/肉瘤 GISTs大多CD117和CD34弥漫性阳性表达，SMA不表达或为局灶性表达，而平滑肌瘤/肉瘤CD117和CD34阴性表达，SMA弥漫性阳性表达。

　　2、胃肠道神经鞘瘤 GISTs中只有少部分病例中有S-100表达，而胃肠道神经鞘瘤S-100弥漫性阳性表达，CD117和CD34阴性表达。

　　3、胃肠道自主神经瘤 CD117、CD34、S-100、 SMA和Desmin均阴性表达，电镜下可见神经分泌颗粒。

　　对GISTs的恶性程度判断除了临床上的局部浸润、转移、复发等因素外，肿瘤部位也是一考虑因素，一般说胃、食道及直肠的GISTs恶性程度较低，而小肠和结肠恶性程度较高。肿瘤的大小及核分裂数也是判断GISTs恶性程度的标准之一。(见下表)

　　表 GISTs恶性程度判断

　　恶性程度 肿瘤大小(最大径，cm) 核分裂数/50HPF

　　低度△

　　胃 ≤5 ≤5

　　小肠 ≤2 ≤2

　　中度△

　　胃 5～10 ≤5

　　小肠 2～5 ≤5

　　高度△△

　　胃 >10 >5

　　小肠 >5 >5

　　注：△ 肿瘤大小及核分裂数两项均需符合

　　△△ 肿瘤大小及核分裂数有一项符合即可