1987年Victor Eisenmenger报道了第1例后来被命名为“艾森曼格综合征（Eisenmenger syndrome）”的病例。此后的半个多世纪，人们对其病理生理的认识并不明确，直到1958年，Paul Hamilton Wood经过总结，将其由过去简单的室间隔缺损，重新定义为：由于肺血管阻力的增加，导致肺动脉压力超过体循环压力，血液通过较大的缺损产生双向或逆向分流。由于受当时医学水平的限制，Paul Hamilton Wood 也不能对艾森曼格综合征作出完整规范的定义。目前所谓艾森曼格综合征是指各种左向右分流性先天性心脏病，由于肺血管阻力升高，使肺动脉压力达到或超过体循环压力，导致血液通过心内或心外异常通路产生双向或反向分流的一种病理生理综合征。严格来说，艾森曼格综合征并不能称为先天性心脏病，而是各种先天性心脏病在早期没有得到及时干预，最终演变为一种以肺血管阻力进行性升高、右心功能衰竭为主的一种病理生理过程。

　　当先天性心脏病患者存在较大的左向右分流时，早期肺动脉压力升高是流量依赖型的，但如果畸形没有得到矫治，分流持续存在，那么肺血管床因机械剪切力的损伤，引起内皮细胞功能紊乱，使肺血管收缩、舒张因子失衡，肺小动脉收缩、痉挛，内皮细胞异常增生（部分学者甚至提出此类增生是一种肿瘤性增生），结果引起肺小动脉管腔狭窄、闭塞，最终形成阻力型肺动脉高压（PAH）。研究发现，先天性心脏病相关的肺动脉高压（CHD-PAH）与特发性肺动脉高压（IPAH）的病理生理有许多相似之处，Heath-Edwards根据肺血管病变发生的顺序，将其分为6级：I级：肺小动脉肌层肥厚；II级：肺小动脉肌层肥厚和细胞性内膜增生；III级：内膜纤维性增生形成板层样的改变；IV级：丛样病变形成；V级：肺小动脉内膜和中膜广泛纤维化，含铁血黄素沉着；VI级：坏死性动脉炎。IV~VI级属于不可逆性病变。