1.血液检查：白细胞常增高；红细胞及血红蛋白降低，与失血、骨髓抑制以及铁、叶酸和维生素B12等吸收减少有关。红细胞沉降率（血沉）增快，C-反应蛋白升高，可随治疗疾病稳定后显着下降。可有黏蛋白增加，白蛋白降低。血清钾、钠、钙、镁等也可下降。

　　2.粪便检查：可见红、白细胞；隐血试验可阳性。

　　3.免疫学检查：测定血清中抗酿酒酵母菌细胞壁的磷肽甘露聚糖的抗体阳性是克罗恩病的较特异的血清学标志物，抗中性粒细胞细胞浆IgG抗体阳性率约5%～10%，高于正常人群3%～4%。血清TNF-α升高与疾病的活动性相关，其他细胞因子（IL-1、IL-6、IL-8等）在血清检测中增高。

　　4.影像学检查：全消化道和结肠气钡双重造影能了解末端回肠或其他小肠的病变和范围。其表现有胃肠道的炎性病变，如裂隙状溃疡、黏膜皱壁破坏、卵石征、假息肉、瘘管形成等，病变呈节段性分布，单发或多发性不规则狭窄和扩张。X线腹部平片可见肠袢扩张和肠外块影。腹部CT、磁共振检查对确定是否有肠壁增厚且相互分割的肠袢、腹腔内脓肿等诊断有一定价值。腹部B超检查见不等程度的肠蠕动减弱、肠壁增厚与狭窄，近端肠腔扩张。

　　5.内镜检查和活检：可见黏膜充血、水肿，伴有圆形、线形溃疡，呈卵石样改变，肠腔狭窄僵硬或炎性息肉样表现，病变之间黏膜正常或轻度充血，呈跳跃式分布。超声内镜检查有助于确定病变范围和深度，发现腹腔内肿块或脓肿。活检见裂隙状溃疡，非干酪样坏死性结节病样肉芽肿，固有膜和黏膜下层淋巴细胞聚集，隐窝结构正常，杯状细胞不减少。