睡眠呼吸暂停综合征的发病机制目前尚不清楚。

    中枢型睡眠呼吸暂停综合征的发生与呼吸中枢控制功能改变有关。如：睡眠时呼吸中枢对低氧、高二氧化碳刺激的反应明显下降；呼吸控制中枢对反馈控制的不稳定；吸气呼气的转换异常。

    阻塞型睡眠呼吸暂停的发生与肌肉、神经及机体内分泌因素的变化均有密切关系。

    下图就是睡眠呼吸暂停综合征发病的机制中得到较广泛认可的“力平衡理论”。上气道的开放及关闭就像是“翘翘板”的两头，维持咽喉气道扩张的肌肉活动增强，有利于气道维持开放状态，气流就通畅；相反，如果由于肌肉本身的原因或者神经控制功能缺陷，咽喉气道的塌陷性增加，当吸气时，咽腔内的负压增加，超过气道的扩张肌肉所能承受的最大负压时，气道就关闭，出现呼吸暂停。其中上气道狭窄、睡眠时上气道阻力增加、吸气流速增加等都是使咽喉腔内负压增加的原因。而现在广泛应用的气道正压通气治疗睡眠呼吸暂停综合征的主要原理之一，就是通过提高咽腔内的正压，来促使“翘翘板”向气道开放一侧倾斜，防止上呼吸道塌陷而发生呼吸暂停。