心脏症状者应与冠心病、特发性扩张型心肌病、酒精性心肌病等鉴别。根据患者曾在锥虫流行地区居住过史，锥虫的血清学实验阳性，临床表现等可与该病进行鉴别。

　　1.冠心病 本病与锥虫性心肌炎一样可累及心肌，造成心脏扩大，均可有心律不齐、心力衰竭等。冠心病多见于45岁以上的男人和绝经期后的女性，年龄大者更多见。冠心病往往有多种患病因素，如高脂血症、高血压、糖尿病、肥胖少动、家族史等。

　　2.扩张型心肌病可有家族史，病程长，进展缓慢，扩张型心肌病心脏常明显扩大，可有动脉栓塞现象，病毒分离阴性，血清病毒中和抗体效价无短期内增高，心电图常有各种心律失常，有时可见病理性Q波。晚期可出现心脏扩大和心力衰竭的症状。

　　3.酒精性心肌病 该病患者有大量饮酒、长期饮酒史(多持续10年以上，每天纯乙醇量125ml);出现心脏扩大、心律失常、胸痛、血压偏高等改变，晚期可出现充血性心力衰竭。

　　神经系统症状与下面疾病鉴别

　　发作性睡病，本病是以不可抗拒的短期睡眠发作为特点的一种疾病。多于儿童或青年期起病。多数病人伴有猝倒症、睡眠麻痹、睡眠幻觉等其他症状，合称为发作性睡病四联症。

　　脑膜炎，大多数为两岁以下的婴儿。开始的症状类似感冒，如发热、头痛和呕吐，接下来嗜睡和颈部疼痛，特别是向前伸脖子时痛。

　　锥虫病患者可能会出现梅毒抗体阳性而被怀疑患有神经性梅毒，神经性梅毒的危害表现在以下几个方面：麻痹性痴呆，主要的精神表现为智能障碍，个性改变，痴呆，夸大妄想，欣快，部分表现为抑郁;脊髓痨主要是腰骶部神经后根和脊髓后索受损的表现。后根受损出现下肢闪电痛、感觉异常或感觉减退，腱反射消失，肌张力降低，尿潴留性尿失禁和阳痿;梅毒性视神经萎缩可以是神经梅毒的一个孤立表现，也可以是脊髓痨或麻痹性痴呆中的一种表现，先是单侧受损，而后再累及对侧，呈进行性视力减退，最后失明。